Il motto dell'Università di Padova è Universa Universis Patavina Libertas: tutta intera, per tutti, la libertà nell'Università di Padova. Sottolinea la libertà di pensiero e opinione che caratterizza l’Ateneo fin dalla sua origine, quando alcuni studenti migrarono dalla sede universitaria di Bologna, il cui Comune svolgeva sempre più frequentemente controlli e pressioni sulle corporazioni studentesche.

Anche durante il dominio di Venezia, la Repubblica garantì libertà religiosa e protezione dalla politica repressiva della Controriforma: Padova infatti fu l’unica università a restare aperta a studenti e docenti sospettati di eresia o ritenuti miscredenti. Anche Galileo, un anno e mezzo prima di morire, scriveva in una lettera: “Non senza invidia sento il suo ritorno a Padova, dove consumai li diciotto anni migliori di tutta la mia età. Goda di codesta libertà e delle tante amicizie che ha contratte costì, e nell’alma città di Venezia”.

Gli studenti si unirono ai cittadini nei moti dell’8 febbraio 1848 e parteciparono durante il Risorgimento alla prima guerra di indipendenza e alla spedizione dei Mille. L’apice dell’impegno per la libertà del Paese fu raggiunto nel 1943, quando il rettore Concetto Marchesi invitò a lottare contro il Fascismo, pronunciando nel discorso di inaugurazione dell’anno accademico quella che fu definita “una dichiarazione di guerra dell’Università di Padova agli oppressori d’Italia"; l'Università di Padova è l'unico ateneo italiano insignito della medaglia d'oro al valor militare poiché, come si legge nella motivazione, “nell’ultimo immane conflitto seppe, prima fra tutte, tramutarsi in centro di cospirazione e di guerra. Padova ebbe nel suo Ateneo un tempio di fede civile e un presidio di eroica resistenza.”

Il motto Universa Universis Patavina Libertas si legge anche in Aula Magna a Palazzo Bo, nella parete a mezzogiorno risistemata da Gio Ponti nel 1942.